La Estación Biológica Internacional EBI tiene como principal misión en este área, el estudio y conservación de espacios naturales, muy especialmente de la biodiversidad ligada a los ecosistemas acuáticos transfronterizos, compatibilizando su preservación futura con el desarrollo del ecoturismo sostenible.

Para salvaguardar su independencia y principios éticos, los trabajos de investigación y conservación de hábitats y especies de la EBI, se financian a partir de sus propios proyectos ecoturísticos en cooperación con acciones de voluntariado internacional.

Su Dirección Científica corresponde al Catedrático de Ciencias y Doctor en Bilogía, Dr. Antonio Guillén Oterino, quien coordina altruistamente un equipo multidisciplinar de voluntarios, colaboradores e investigadores científicos de diversas nacionalidades. Especializado en ecosistemas acuáticos, el Doctor Guillén dirige los trabajos de campo a bordo de los Buques Hidrográficos de la EBI en Arribes del Duero, Douro Internacional y Lago de Sanabria, la galería del Mundo Microscópico de Biodiversidad Virtual y el Proyecto Agua con más de 10 millones de seguidores en todo el mundo.

Entre otros méritos y reconocimientos, el Doctor Guillén ha recibido el de la Fundación Félix Rodríguez de la Fuente en 1990, el Premio Nacional de Fotografía Científica 2007, el Premio Nacional Giner de los Ríos a la Calidad Educativa 2008, el Primer Premio Innovación Educativa 2009 y uno de los más destacados, el 1^er. Premio Mundial Google Science Fire 2012 que contó con el reconocimiento del entonces su Alteza Real Príncipe de Asturias y hoy Su Majestad el Rey D. Felipe VI, en audiencia celebrada en el Palacio del Pardo.

Tras la adhesión de la EBI a los principios y filosofía de la Carta Europea de Turismo Sostenible, con total independencia económico-política y gracias a la especialización técnica de sus colaboradores, ha desarrollado y financiado diversos proyectos de conservación de hábitats y especies en las cuatro áreas protegidas integradas por la UNESCO en la nueva Reserva Transfronteriza de la Biosfera “Meseta Ibérica”. Estos son algunos de ellos:

• El proyecto "Buques Hidrográficos E.B.I." en los parques naturales fronterizos de Arribes del Duero (España), Douro Internacional (Portugal) y Lago de Sanabria (España) es ya una realidad de cooperación transnacional en áreas protegidas, que compatibilizan su preservación futura con el desarrollo del ecoturismo sostenible. Su primer acuerdo marco de cooperación bi-nacional se formalizó el 11 de Enero de 1994 en la Ciudad portuguesa de Miranda do Douro. Desde sus buques hidrográficos, la EBI monitoriza (en el marco de una investigación científica independiente) el estado ecológico de los ecosistemas acuáticos transfronterizos. Sus trabajos de control, se desarrollan de forma transparente y se incluyen como parte del contenido ecoturístico, durante los trayectos fluviales con miles de visitantes a bordo. 
• El proyecto "Bonelli´s Eagle" se rubricó el 14 de diciembre de 2002 con el Instituto de Conservación de la Naturaleza de Portugal – ICNF para la conservación del Águila de Bonelli (Hieraaetus fasciatus) como especie emblemática del espacio bi-nacional del Duero. Para el desarrollo de este proyecto, la EBI adquirió en el año 2000 cinco Ha. de acantilados para la recuperación del conejo de monte y puso en marcha el primer programa operativo con resultados positivos para la reproducción de esta especie en su entorno salvaje.
• La EBI desarrolla desde el año 2000 el proyecto "Custodia del Territorio (Val d´Aguia)" en las cinco Ha. de acantilados adquiridos en el cañón internacional del Duero con financiación procedente de sus proyectos ecoturisticos y la colaboración técnica de universidades, asociaciones y ayuntamientos del territorio. En este espacio se aplican desde el año 2000 los principios de Custodia del Territorio y los de la Carta Europea de Turismo Sostenible, promoviendo la conservación de los valores y recursos naturales a través de diferentes proyectos etnográficos, ecoturísticos y científicos.
• El "1^er. Catamarán Eólico-Solar del Mundo" es un innovador diseño tecnológico desarrollado por la EBI para minimizar el impacto de la navegación en ecosistemas sensibles. Este buque hidrográfico con capacidad para 100 pasajeros a una velocidad punta de 10 Kn, ha alcanzado una singular certificación denominada "5-ZERO ENERGY": nivel cero de emisiones sonoras a 5Kn de velocidad, nivel cero de efluentes, nivel cero de residuos, nivel cero de oleaje-erosión y nivel cero de emisión de gases contaminantes. Dispone de 20 paneles solares semitransparentes con silíceo tratado en tonalidades verdes, 4 generadores eólicos en su arco de radar, bulbos de proa para eliminar el impacto del oleaje sobre las orillas, laboratorio a bordo, microscopio en pantalla gigante, mangas de plancton, botella Niskin, ascensor de buceo adaptado y monitorización de sus biólogos-buceadores en directo a través de cámaras y comunicaciones subacuáticas. Su botadura en el Lago de Sanabria fue apadrinada por Monsieur Pierre-Ivés Cousteau, hijo del Comandante francés del “Calipso” y embajador de la U.I.C.N. - Unión Internacional para la Conservación de la Naturaleza, a partir del Tercer Convenio Internacional de Cooperación para la Investigación y Conservación de los Ecosistemas Acuáticos, entre la E.B.I y la Fundación Cousteau-Divers, firmado el 26 de Mayo de 2011 en París.
• Desde 2012, la EBI viene realizando estudios científicos e informes de investigación sobre el Lago de Sanabria, con el objeto de conocer, controlar y difundir sus grandes valores naturales, además de dar a conocer las características del agua del lago y promover la conservación del ecosistema. A ello se suman diversas iniciativas de voluntariado y educación medioambiental, compartiendo con la sociedad su compromiso de conservación de la biodiversidad. El proyecto "Investigación Lago de Sanabria" desarrollado a bordo del buque hidrográfico Helios, está permitiendo el seguimiento continuado y monitorización (en el marco de una investigación científica independiente) del desequilibrio generado desde el año 1999 en el ecosistema acuático del Lago de Sanabria, como consecuencia de vertidos de origen antrópico.
• El proyecto "Reservas Cinegéticas" en colaboración con los cotos de caza integrados en espacios naturales fronterizos, promueve desde 2002 la declaración de zonas de reserva y otras medidas encaminadas a la conservación de especies cinegéticas y sus habitas. La E.B.I. ha firmado diferentes convenios con las asociaciones fronterizas de cazadores y pescadores que respetan códigos de conducta dirigidos a la conservación del espacio en armonía con las diferentes especies cinegéticas y sus predadores naturales.
• El proyecto "Fire Exit" para la prevención e investigación de incendios y sus consecuencias en espacios fronterizos, se convirtió en 1998 en una iniciativa pionera para el desarrollo de nuevas tecnologías aplicadas a la conservación del medio ambiente.
• El proyecto "Filtros Verdes" del módulo experimental para la depuración natural de aguas residuales en espacios fronterizos, estudia el comportamiento de las plantas macrófitas en flotación como fórmula de depuración natural en pequeños municipios integrados en áreas protegidas.
• El proyecto "Microhabitats Flotantes" estudia el efecto intermareal de los embalses fronterizos desde el año 2009, desarrollando sistemas de compensación medioambiental en colaboración técnica con las compañías hidroeléctricas.
• El proyecto "Wild Rabbit" para la recuperación del conejo de monte como soporte alimentario de diferentes especies protegidas, se desarrolla desde 2002 en colaboración con las entidades implicadas en los Proyectos de Custodia del Territorio, Reservas Cinegéticas y Águila de Bonelli.
• El proyecto "Lutra" para la investigación, seguimiento y conservación de la nutria (Lutra lutra) en espacios naturales fronterizos, promueve el estudio y seguimiento de esta especie emblemática desde los buques hidrográficos de la E.B.I. y sus instalaciones terrestres.
• El proyecto "Torres e Pombais" estudia el control natural de roedores a través de predadores naturales como el Cernícalo (Falco tinnunculus) y la Lechuza Común (Tyto alba), favoreciendo la investigación y conservación de estas especies y sus hábitats, incluida la recuperación de sus atalayas de caza en torres y palomares.
• El "Punto VB (Biodiversidad Virtual)" permite la colaboración ciudadana en la identificación y seguimiento de especies, utilizando sus propios teléfonos móviles para subir imágenes a la Plataforma biodiversidadvirtual.org a bordo del buque hidrográfico Helios Sanabria.
• El proyecto "European Network - E.N.O.A.B." de la Red Europea de Observatorios de la Biodiversidad Acuática en espacios naturales fronterizos, desarrolla el trabajo en red para la monitorización de los ecosistemas acuáticos y sus parámetros de alerta.
• El proyecto "Un Río - Dos Paises" promueve la conservación de los espacios naturales fronterizos a través de la educación ambiental gratuita dirigida a escolares residentes en las cuatro áreas protegidas integradas en la nueva Reserva Mundial de la Unesco “Meseta Ibérica”: Arribes del Duero (España), Douro Internacional (Portugal), Montesinhos (Portugal) y Lago de Sanabria (España).